农垦国有土地与农村集体土地确权有本质上的区别，主要体现在4个方面，分别为：

一是确权种类不一样。农垦国有土地确认使用权，而农村集体土地确认所有权和承包经营权。

二是权利归属不一样。农垦国有土地使用权确认到农场，而农村集体土地所有权确认到农民集体，承包经营权确权给农户。

三是确权主体不一样。农垦国有土地使用权确权由国土部门牵头，财政、农垦部门配合；而农村集体土地承包经营权确权由农经部门牵头，国土、财政部门配合。

四是发放权证不一样。农垦国有土地使用权纳入不动产登记范畴，发放不动产权证；而农村集体土地承包经营权确权发放的是承包经营权证。

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